Speiseröhre, Magen und Zwölffingerdarm sind Hohlorgane, durch die Nahrung aufgenommen und verdaut wird. Um die Wand dieser Hohlorgane optimal beurteilen zu können, muss die Patientin/der Patient etwa sechs Stunden vor der Untersuchung nüchtern bleiben, das heißt keine Nahrung bzw. Getränke zu sich nehmen. Klare Getränke können bis zwei Stunden vor der Untersuchung eingenommen werden (sicherheitshalber immer mit der behandelnden Ärztin/dem behandelnden Arzt absprechen). Herausnehmbare Zahnprothesen müssen vor der Untersuchung entfernt werden, um diese nicht zu beschädigen bzw. ein Verschlucken zu verhindern.
Blutverdünnende Medikamente (z.B. Marcoumar, Sintrom) müssen vor der Untersuchung nicht abgesetzt werden. Im Falle einer Probenentnahme (Biopsie) ist das Risiko einer Schleimhautblutung nur minimal erhöht. Sollten größere Eingriffe wie die endoskopische Entfernung von Vorstufen oder Frühformen von Speiseröhren- und Magenkrebs geplant sein, ist es aber ratsam, die Einnahme blutverdünnender Medikamente zu unterbrechen. Im Einzelfall ist das Risiko einer Blutung mit dem eines kardiovaskulären Ereignisses durch Absetzen der Medikation abzuwägen. Ärztliche Rücksprache wird empfohlen.
Viele Krankenhäuser bieten heutzutage eine Untersuchung unter intravenöser Verabreichung eines Beruhigungsmittels (Sedierung) oder einer Kurznarkose an. Dadurch ist diese oft als unangenehm empfundene Untersuchung für Patientinnen/Patienten besser zu tolerieren. Informationen über diese Möglichkeit der Erleichterung erhalten Sie von Ihrer behandelnden Ärztin/Ihrem behandelnden Arzt. Eine Sedierung verursacht im Unterschied zu einer Vollnarkose nur Angstverminderung, Beruhigung, reduzierte Merkfähigkeit und teilweise auch Schlaf. Während der gesamten Untersuchung wird mittels eines Pulsoxymeters der Kreislauf überwacht. Da die Reaktionsfähigkeit nach der Untersuchung für einige Stunden beeinträchtigt sein kann, ist das Lenken eines Fahrzeugs nach der Sedierung verboten.